「馬偕與牛津學堂」計劃主要是將真理大學校史館所珍藏的馬偕在台宣教期間相關文物（約數十多件），以及館內珍藏馬偕行腳紀實的相片（約四百多張），集結以馬偕宣教期間與官方的往來歷史文件紀錄、或土地買賣契約等（約十多份）、馬偕的生平、教會工作、醫療技術引進、教育內容的改革等百本珍貴史料參考文書」，以及與加拿大約克大學的合作計劃，交換馬偕與加拿大長老教會的「來往書信」及「加拿大長老教會議事錄（海外宣教史部分）」等珍貴資料一一數位化，以公諸於世；並架構一永久性的專屬網站，作為馬偕研究之學術資料匯總結集之處，並探索台灣於十九世紀時，此一基督宗教歷史傳承以及其對社會的互動關係。