華岡博物館藏品極為豐富，五萬多件藏品主要來源得自各方捐贈，其中具創作性之藝術品，或有紀念性、特殊意義之文物分十一大類有：國畫、書法、西畫、器物、手稿、剪紙、拓片、手稿地圖、郵票、創辦人紀念文物、藝術攝影等；其中一萬三千多件列為珍品收藏，以書畫收藏最具特色，主要為民國三十八年由大陸移居台灣及海外畫家、學官界文人書畫家、台灣前輩畫家，以及少數明清書畫家，包括王陽明、吳昌碩、吳稚暉、于右任、溥心畬、張大千、黃君璧、張書旂、趙少昂、歐豪年、李梅樹、劉其偉等著名書畫家。截至九十三年七月，華岡博物館館藏書畫精品已達四千零八十二件，在目前國內大學收藏中實屬少見。

九十三年數位典藏計畫首重metadata欄位的建立與數位化流程、影像品質管理的確立，精選華岡博物館典藏繪畫一百五十件，奠定數位典藏工作的重要基石。未來可透過網際網路呈現高品質的數位典藏系統，使我國近現代珍貴書畫藝術能發揮展示、教學、研究等效益。