達爾文核心集

(Darwin Core Version 2.0)

簡介、元素及定義

 

 

Darwin Core簡介

(一)   發展單位:

    The Species AnalystThe Species Analyst是一個發展存取世界的自然歷史藏品及觀察資料庫的標準及軟體工具的研究計劃,是以University of Kansas Natural History Museum Biodiversity Research Center兩機構為基礎。

 

(二)     簡介:

Darwin Core (DwC)是一個搜尋及取得自然的歷史藏品和觀察的資料庫的最小集合的輪廓描述。在Darwin Core網頁中的提到,幾乎所有的採集和觀察的資料庫在內容上有一個共通點能被使用於由這些不同的資料集合中執行指令搜尋和回覆Darwin Core試圖提供一個標識這些共通的指引,而不考慮儲存這些紀錄內容的機制基礎。

 

(以上資料來源:Canadian Heritage Information Network ((CHIN)) --http://www.chin.gc.ca/English/Standards/metadata_discovery.html )

 

每個標本在採集上都是獨一無二的,且許多會提供關於之前分類的地理描述,及隨著時間可能會如何改變。每個標本在採集上是以標籤來辨識,這些標籤可能是手寫的。標本可能在有些極度的狀態下的野地採集,有時在採集地點的描述上會有模糊的描述。某些自然歷史藏品是相當老舊的,可追溯到300年或更久之前。許多藏品僅有部分電腦化。對於那些完全或部分電腦化的藏品而言,沒有對於資料內容、編碼、結構或類型的標準。不過,在內容上有一個幾乎所有的藏品或觀察資料庫所共通的會用來呈現資料以為了由這些不同的資料集合中進行搜尋和取得資料。Darwin Core試圖提供一個標識這些共通的指引,而不考慮儲存這些紀錄內容的機制基礎。

Darwin Core架構提供一個建議存取點並推薦給他們的使用者來搜尋自然歷史標本和觀察資料庫。它提供一連串的檢索建議以至於他們是獨立協議的。它也提供關於由支援Darwin Core的資訊伺服器中取得之紀錄的內容、架構和格式的指引。

 

(三)  現有版本:

根據最原始的Darwin Core,現在有幾個使用中的Darwin Core版本:

n  Darwin Core Version 1.0—

接近原始的Darwin Core,且是積極使用的第一個版本。

 

n  Darwin Core Version 2.0—

延伸自Darwin Core Version 1.0,規定附加的資料元素的數字及存取點。

 

n  Darwin Core Version 2.0 var. MaNIS

這個DwC 2的變化正由Mammal Networked Information System積極發展中。

 

n  OBIS Federation Schema

(Ocean Biogeographic Information System Federation Schema)

Darwin Core version 2 standard為基礎而延伸建置。

 

http://tsadev.speciesanalyst.net/graphviz/dot.php?dot=http://speciesanalyst.net/docs/dwc/dwcevolution.gdot

Darwin core版本變更圖

 

(資料來源: Species Analyst --http://speciesanalyst.net/docs/dwc/index.html)

 

二、元素總表

說明;

1.      以下元素及定義為根據Darwin Core v2.0翻譯

資料來源http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2

2. 元素共有50個。

3. 必填欄位中標示”V”者表示此欄位為必填欄位。

3. 範例為參考http://www.bioshare.net/ 之資料轉出範例。

元素名

必填

資料類型

說明

範例

最後修正日期

(Date Last Modified)

V

日期時間

(DateTime)

當紀錄最後更新時,ISO 8601相容戳記顯示以UTCGMT)表示的日期及時間,例如: “November 5, 1994, 8:15:30 am,美東標準時間將被表示成"1994-11-05T13:15:30Z"(參考 W3C Note on Date and Time Formats)(當這個日期-時間是未知時該怎麼做?使用((該筆資料))第一次出版之日期-時間?)

          03-08-2002 23:02:31

機構代碼

(Institution Code)

V

文字

(Text)

識別擁有此藏品之機構的標準碼。對於指定機構代碼,並無全球性登錄處。使用於自己學科領域中的標準代碼。

          HAST

          fi_sps

館藏代碼

(Collection Code)

V

文字

(Text)

可識別機構內藏品之由字母與數字符號構成的唯一值。

          ASIZP0058738

          Coll. Saarenmaa

編目號

(Catalog Number)

V

文字/數值

(Text / Numeric)

可識別藏品中個別紀錄之由字母與數字符號構成的唯一值。建議這個值提供一個可識別實際標本的關鍵字。如果這個標本有數個條目例如各種不同的備製類型,這個值應該可識別此標本的各個部件。

          {guid {4647A827-A724-11D6-ACB0-0080C85454ED}

 

學名

Scientific Name

V

文字(Text)

編目條目最底層分類名的完整名稱,其可被識別為以下成員之一,包含屬名、種名和亞種名(zool.)或同物種等級的縮寫,及同種種名(bot.)。若編目的條目不能標示屬、種、或同種名,則使用上一分類階層的名稱(如門名)

          Plebeius argus

紀錄基準

(Basis of record)

 

文字(Text)

表示紀錄所呈現的是觀察(O),活體生物(L),標本(L),種原/種子等等的縮寫。

          O

Kingdom

()

 

文字(Text)

該生物所屬界名。

          Animalia

Phylum

()

 

文字(Text)

該生物所屬門(或部)名。

          脊索動物門

          Invertebrata

Class

()

 

文字(Text)

該生物所屬綱名。

          鉹鰭魚網

          Insecta

Order

()

 

文字(Text)

該生物目名。

          鱸形目

          Lepidoptera

Family

()

 

文字(Text)

該生物科名。

          刺蓋魚科

          Pomacanthidae

Genus

()

 

文字(Text)

該生物屬名。

          Pygoplites

          甲尻魚屬

Species

()

 

文字(Text)

該生物種名。

          Diacanthus

          雙棘甲尻魚

Subspecies

(亞種)

 

文字(Text)

該生物亞種名。

 

Scientific Name

 Author

(學名命名者)

 

文字(Text)

學名的命名者。提出接受名的命名者字串。可有一個以上的命名者(連續字串)。應根據所適用的分類規範協議格式。

 

Identified By

(鑑定者)

 

文字(Text)

對編目條目,提出現有接受名之人的姓名。

          陳正平

          H annu Saarenmaa

Year Identified

(鑑定年)

 

數值(Numeric)

所採集的條目進行鑑定的日期中的年的部分;為四位數,[-9999..9999],如19062002

          2002

Month Identified

(鑑定月)

 

數值(Numeric)

所採集的條目進行鑑定的日期中的月的部分;為兩位數,[01..12]

          08

Day Identified

(鑑定日)

 

數值(Numeric)

所採集的條目進行鑑定的日期中的日的部分;為兩位數,[01..31]

          03

Type Status

(類型狀況)

 

文字(Text)

表示標本所代表之命名類型的種類。(這是不完整的,因為類型狀況實際上是描述在名稱與標本間的關係[或標本、名稱與出版者三者間的關係])。尤其,類型狀況不能適用於學名列表中的名稱,即,現存的識別。在罕見案例中,一個單一的標本會是一個以上名稱的類型。

 

Collector Number

(採集號)

 

文字(Text)

用於標本(在某些領域)採集時的識別的號碼”(實際上是一個字串)。建立單一標本之不同部分/備製與場地註記及標本之間的連結。

          18133

Field Number

(場地號)

 

文字(Text)

於採集時間所創造的一個號碼”(實際為一字串),用以識別所有產生於一個採集事件中的所有物質。

          SAH

Collector

(採集者)

 

文字(Text)

負責採集標本或進行觀察的採集者名稱。

          陳正平

          Hannu Saarenmaa

Year Collected

(採集年)

 

數值(Numeric)

標本採集的年份(以整數表示)。應表示完整的年份(如,1972應表示為”1972”而非”72”)。必須永遠是一個四位整數[-9999..9999]

          2002

Month Collected

(採集月)

 

數值(Numeric)

自田野中採集標本的年的月份。可能的值範圍包含由0112

          08

Day Collected

(採集日)

 

數值(Numeric)

自田野中採集標本的月的日期。可能的值範圍包含由0131

          01

Julian Day

 

 

數值(Numeric)

一年中的日期序數,即,同一年中自一月一日起的日期號碼。(一月一日 Julian Day 1.)

 

Time of Day

(日期時間)

 

數值(Numeric)

標本被採集的一日中的時間表示成為由午夜當地時間起的24小時制(12.0 = mid day, 13.5 = 1:30pm)

          09:00:00

Continent Ocean

(洲或洋)

 

文字(Text)

標本採集地的洲或洋。

          Europe

Country

(國家)

 

文字(Text)

標本採集地的國家或主要的政治主體。應使用ISO 3166-1。完整的國家名稱也可使用。未來建議在搜尋時應使用ISO3166-1二位數代碼或是國家全名。

          TW

          FI

State

 Province

(州省)

 

文字(Text)

標本採集地的州、省或行政區(即,較國家下低一層級的行政區)。有部分建議採用ISO 3166-2的值,然而這些值處於持續變化的狀態,且似乎不可能有適當機制 (藉由ISO)來取代管理這些變化。因此建議使用可能的,完整的,非縮寫的名稱來儲存資訊。伺服器可隨意控制縮寫為存取點。備註:這是一個循環的主題(國及州)縮寫。檢查屬性類型以處理來自bib-1檔案的縮寫。

          ES

County

()

 

文字(Text)

標本採集地的郡(shire,或較州/省小的下一個行政區)

          Puumala

Locality

(位置)

 

文字(Text)

標本採集地的地點描述(地名非強制性地加上來自地名的位移)。來自地區的位移已被規定,它應該採取未-計劃的測量單元。

          關渡

          Pataniemi

Longitude

(經度)

 

數值(Numeric)

標本採集地的經度。這個值應以用一個如WGS-84的資料的十進位度數呈現。

          61,38695

Latitude

(緯度)

 

數值(Numeric)

標本採集地的緯度。這個值應以用一個如WGS-84的資料的十進位度數呈現。

          28,24502

Coordinate Precision

(座標精確度)

 

數值(Numeric)

採集地被詳述程度的評估;以距離表示,以公尺,其一致於圍繞經緯度座標半徑。當精確度是未知、不能被評估,或不適用時使用NULL

          1000

Bounding Box

(座標系統)

 

座標系統(BOUNDINGBOX)

這個存取點提供一個使用座標系統進行搜尋的機制。一個座標系統元素通常並不存在於資料庫中,而是衍生自資料提供者所給予的經度和緯度欄位資料。

 

Minimum Elevation

(最小海拔高度)

 

數值(Numeric)

採集地自海平面之上或之下所測得的最小距離。

          86

Maximum Elevation

(最大海拔高度)

 

數值(Numeric)

採集地自海平面之上或之下所測得的最大距離。

          86

Minimum Depth

(最小深度)

 

數值(Numeric)

採集進行之處自水平面之下所測得的最小距離;所有實質的採集至少於這個深度。確定於水平面之下,而發之上。(如,於海平面之上的潮汐區的採集)

 

Maximum Depth

(最大深度)

 

數值(Numeric)

採集進行之處自水平面之下所測得的最大距離;所有實質的採集至少於這個深度。確定於表面之下,而非之上。(如,於海平面之上的潮汐區的採集)

 

Sex

(性別)

 

文字(Text)

標本的性別。其範圍應該是根據公會共識所制定的既定詞彙組 (代碼)。已提出值有:M=雄性;F=雌性;H=雌雄同體;I=不確定(經檢驗但不能確定)U=未知(未檢驗)T=轉變(性別之間;通常用在連續的雌雄同體)

          I

Preparation Type

(備製類型)

 

文字(Text)

備製類型(皮膚、載玻片等等)。儘可能的增加此欄位作為一個紀錄元素而非一個存取點。對於個別藏品紀錄應該都有一份備製列表。

          10

Individual Count

(個體數目)

 

數值(Numeric)

呈現於採集地點或容器中的個體數量。並非採集地的豐富度的或稠密度估計。

 

Previous Catalog Number

(先前編目號)

 

文字(Text)

編目條目之先前的(具完整資格)編目號,若該條目較早已被另一個編目號所辨識,不論是在現存編目或另一個機構/編目。一個具完整資格的編目號是在機構代碼和藏品代碼之前,以一個空白鍵來分開每一個子元素。參引至先前的編目號,並不意味著被參引之條目的紀錄存在或不存在於對應的編目中,或甚至被參引的編目仍存在。這個存取點是預備來提供一個藉由先前識別號來取得這筆記錄的方式,其可能會被使用於文獻中。在此結構之未來版本,此屬性應該是設定值。

 

Relationship Type

(關係類型)

 

文字(Text)

識別這個館藏條目和其參引館藏條目間之關係種類的一個名稱或代碼值。名稱值包含:”寄生於附生於”…的後代,等。在此結構之未來版本,此屬性應該是設定值。

 

Related Catalog Item

(相關編目條目)

 

文字(Text)

相關編目條目(與另一個標本之參引關係)之具完整資格的識別號;相關編目條目的機構代碼、藏品代碼,和編目號,以一個空白鍵分開這三個子元素。

 

 

Notes

(備註)

 

文字(Text)

屬於標本紀錄的任意文字註記。

          Biotella Taxon ID 141032001 Biotella Taxon Code PLEargus The Lepidoptera of Europe NBRX 7127 Grid27E 6809:566 PeriodID 1915 SiteID 113 SiteCode livuski SiteGUID {guid {5E50C19A-A6C5-11D4-ABC4-0080C85454ED}} MethodID SV Method Wine baits and net AreaDetail Kesämökki ja lähiympäristö

 

 

三、相關網站

         Darwin Core  V2  http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2

(Darwin Core  說明網頁,提供簡介、元素總表...等資料。)

 

         The Species Analyst  http://speciesanalyst.net/ 

(Darwin Core  研發單位網站)

 

         z.x  http://tsadev.speciesanalyst.net/Z.X/

   (The Species Analyst的技術相關網頁,網站上並提供Darwin Corexml DTDStylesheet及範例等資料。)

 

         GBIF  http://www.gbif.org/

(全球生物多樣性資訊機構)

 

         Bioshare   http://www.bioshare.net/

(以分享生物學相關資料、資訊和知識的合作入口網站)